Wenn FakeRAID, müsste die Konfig VOR dem Debian-Setup im (RAID)-BIOS konfiguriert werden. Siehst du im Debian-Installer keine Laufwerke, wird dein FakeRAID nicht erkannt und dir bleibt mdraid. - Der Debian-Installer kann RAID und LVM im installer einrichten.
Es kommt auf die Zahl der Disks an. Evtl. könnte / (und /boot) auf zwei USB-Sticks sein, die über ein RAID1 gemirored werden? - Dann kannst du mit den Disks machen wie es dir passt. (OK, dann noch aufpassen und auf den Sticks kein journaling FS wie EXT3/4 sondern EXT2 nehmen)