Da Java Programme nicht in ausführbarem code vorliegen, sondern in einem zwischencode, müssen diese erst compiliert werden... dies erfordert ein wenig Zeit... es sind in deinem Fall 3 Faktoren:
1.) Starten der Java Runtime.
2.) Runterladen des Java Applets.
3.) Compilieren des IL-Codes (Zwischencode)...
Danach wird das Applet ausgeführt...
ps: Java ist dafür bekannt sehr langsam zu sein... der Grund ist nicht ganz so klar, liegt aber auf jedenfall mit der Runtime zusammen...